天藏被卡卡西所感化，真的放弃了刺杀，也是因此，他将要面临团藏的严酷处罚。卡卡西立刻找到三代火影，请他出面救出天藏，于是三代率领暗部包围了根组织，迫使团藏放人，并把他调入了暗部卡卡西的小队，这次，卡卡西终于保住了同伴，还多了一个会用木遁的小跟班，他的内心终于恢复了一些生机。
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当宇智波鼬加入暗部时，卡卡西已经没那么冰冷了，他对鼬可以说是非常照顾的，而且还在一定程度上影响了他的思想。卡卡西与鼬很快接到了一个任务，内容是暗中监视木叶与邻国的一次外交活动，如果邻国心怀不轨，就将他们全部歼灭。任务过程中，邻国忍者突然背叛，对木叶使团进行了袭击，卡卡西一招土流壁救下了他们，鼬问他：“听说你为了完成任务连同伴都杀？”潜台词是救这些人并不是任务目标，为什么要救，卡卡西回答：“我绝不会让同伴被杀，有人将这信念和这只写轮眼一起托付给了我。”
此时的鼬正夹在村子与家族间左右为难，看到卡卡西似乎是一位高人，于是鼬从侧面向他请教：“你不是宇智波的族人，却拥有宇智波的写轮眼，你认为自己究竟是哪一边的忍者？”卡卡西回答：“我从没想过这个问题，这只眼睛是朋友托付给我的，一直在提醒着我，不要让同伴被杀害。”鼬又问道：“朋友的意愿是不是非回应不可？“卡卡西回答：“我个人认为是的。”鼬想到了同样托付给自己写轮眼的止水，止水曾拜托他：“保护好村子，还有宇智波的名号。”于是，鼬回应了止水的托付，保护了村子，也没有让宇智波的名号受损。这样看来，卡卡西的话可以说是促成了鼬的选择，只是鼬面临的选择，远非任务与同伴这么单纯。此时的卡卡西已经比较接近现在的人格了，只差从失去带土和琳的阴影中彻底走出来，卡卡西的最后一次转变，是遇到了自己的学生们。多年之后，卡卡西终于离开了暗部，但他仍然如同冰山，不近人情，因为他还没有走出阴影，不敢有新的同伴，孤独成为了他远离痛苦的保护伞，也成为了他与别人之间的隔离墙。于是三代火影任命他为担当上忍，负责培养学生，也就是当年他的老师波风水门做过的事。
卡卡西当年参加水门班的选拔时，是一个眼里只有任务，不在乎团队的人，虽然当时他与带土和琳达成合作，共同抢到了铃铛，但他知道，其实自己只是为了完成任务利用了他们，而水门老师并没有发现这一点，如果当时水门老师看出自己缺乏团队素养，不让他成为忍者，可能之后不会有这么多不幸的事情发生。所以这次，卡卡西选拔自己的学生格外慎重，一旦发现他们欠缺为同伴着想的精神，就直接淘汰。当时的忍者教育虽然比战争时期温和一点，但总体来说还是任务至上，因此几年下来，卡卡西班还没有一个人通过，直到他等到了主角们。
漩涡鸣人、宇智波佐助、春野樱，可以说前两位与卡卡西有很深的渊源。鸣人是他的老师、波风水门的遗孤，和带土一样有着成为火影的梦想；佐助是宇智波家族的唯一幸存者，鼬的弟弟，拥有和带土相同的眼睛，而且他们和自己小时候一样，都是孤儿。恐怕当卡卡西看到这份名单的时候就知道，缘，妙不可言。
恰逢三代火影告诉他：“其实当年水门在选拔你们时，已经注意到了你是一个独断专行的人，可是他相信你，很快就能明白同伴的重要。”卡卡西这才知道，原来水门老师早已察觉到了自己那肤浅的战术，可即便如此，他依然相信我会醒悟，这可能就是水门温柔的原因，也正是卡卡西所缺少的，相信别人的力量。
虽然卡卡西早已不是视规则于一切的人，但他一直活在失去带土和琳的阴影中，不敢相信别人，也不敢相信自己能够再次保护好同伴，严格遵循自己定下的规则，不敢打破。于是当演习中，佐助和小樱违反规则，擅自喂鸣人盒饭的时候，卡卡西终于被治愈了。“带土，看见了吗，我这辈子都不会忘记你和琳，但即使这样，我还是想和新同伴一起，向前迈进。鸣人、佐助、小樱，我相信你们，以及带土、琳，我向你们发誓，决不让自己相信的同伴死去。”于是卡卡西像他的老师水门一样，以一个温暖人心的形象出场了。
看到鸣人家里的食物过期了，他会特意送去新鲜蔬菜；知道小樱可能会为了同伴勉强自己参加中忍考试，于是体贴的对他们说自愿报名于是体贴的对他们说自愿报名；当自己被再不斩的水牢困住时，他的第一句话就是“你们赶紧跑”。佐助就更不用说了，先是因为大蛇丸的咒印费尽心力，然后又把绝招千鸟传授给了他，当佐助与鼬再次相遇，被复仇的欲望吞噬时，卡卡西又作为人生导师开导他，佐助叛逆的对他吼着：“闭嘴，不要一副什么都知道的样子，要是现在就把你最珍惜的人杀掉会怎么样？”卡卡西笑眯眯的一句：“很不巧，我最珍惜的人全都被杀了”自嘲中，透露着那隐藏在心底的寂寥。此时的木叶正处在最危险的当口，中忍考试一役，三代火影战死，村内人心不稳，村外又有大蛇丸与晓组织的威胁。而纲手作为千手一族的公主，三代火影的弟子，又是名望与实力兼备的“木叶三忍”，只需登高一呼便是人心所向。再加上为其护航的自来也，两位三忍回归木叶，刚欲抬头的团藏势力霎时间就缩了回去。
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