顺治二年他就来过南方，坐镇江宁尽力的和缓因为削发令而导致的民族之间的矛盾，但是那个时候的他的权力太小了，八旗更是指挥不动，只能指挥大概2000人的队伍。但就是这样他也处死了不少大明的忠义之士，让天下人好一顿骂。
顺治四年的时候，洪承畴要回乡丁忧，父母去世，朝廷有规定父母去世必须要回家守孝三年，如果你不去朝廷就不再用你了，别说我这马上科长升处长了，结果一个丁忧让别人上了，就是这样你也得回去丁忧去，但是就只丁忧了一年就让多尔衮给召回了。但是召回之后并没有给他重要的差事，而且发现了随着汉人入京当官，满汉的民族矛盾已经越来越大，不光是在江南就是在北京就在的金銮殿上也是矛盾重重，主要原因就是满汉的的不平等，满人的官比汉人的官的待遇好很多，并且由于汉军的数量和地位也在提高。顺治皇帝也不得不改变，其中顺治皇帝走出的重要一步就是选出了素有德望的洪承畴去支撑湖南局势，为什么选择他呢，一方面是他对南方非常了解，一方面是自打洪承畴投降清朝以来他从不参与派系之间的斗争，只是做好自己的事情，这在顺治皇帝看来就非常好，也敢用他，于是派他去经略五省，封的官不得了是太保兼太子太师，内翰林国史院史院大学士，兵部尚书，兼都察院右副都御史，可以弹劾百官，让他经略湖广，广东，广西，云南，贵州总督军务监理粮饷。这一次的权力可以说是很牛了，规定所有的军政行动你说的算，完事之后跟朝廷说一声就行了。特别是可以领导八旗的里面的都统，总兵，包括亲贵和将军也一样，不听他的就砍头，这次的经略范围为西南五省之地，各地的总督，巡抚，提督，总兵的升迁调动也是听他的号令，文官五品以下，武将副将以下可以先斩后奏，并且告诉兵部和吏部洪承畴要的东西必须不打折扣的完成。看看洪承畴的权力可以说是大清朝有史以来权力最大的汉官，重要的是那个汉字。这是因为顺治皇帝非常信任他。
顺治六年，济尔哈朗奉命南下，其实就是多尔衮留着他的亲王衔让他去打仗的，这家伙可倒好，到了湖南大肆烧杀抢掠。光在湘潭就是毛主席的老家杀人就杀了一个星期。孔有德的军队从湖南进广东，当地的老百姓已经饿的是皮包骨了不但要交粮还要为清军运送粮草，老百姓真是没活路了，那没活路咋办，造反呗。所以李定国反扑湖南，再加上绿营兵不少反叛的，所以南方小朝廷再次对湖南进行了控制，清朝也发现了这样不行，现在是地位不稳民心没有。所以清朝觉得靠着多铎那种扬州十日，嘉定三屠这种肯定不是不行，于是不得不启用对于南方非常了解的并且坐了好几年冷板凳的大将洪承畴出山。
洪承畴经略南方期间就建立了非常大的长沙幕府，这是必须要的一个机构，他的方针是招抚为主，军事为辅，他在南方就积极让士绅加入，因为他知道湖南人心不定的根本就是士绅阶层不支持，招抚他们就可以稳定人心，于是他开始走访各地，平反冤假错案，并且还广招贤良，在他的一顿操作之下士绅归顺了。湖南地区日渐稳定，其中很有名的一个事情就是当时湖南官府抓到了很多反清复明的士绅，按照律法来说这些肯定都是得处死，但是洪承畴听到这个事情觉得这是个好机会，直接审理这个案件最后所有的被告全部无罪释放，原告被他给斩了，这般处理的结果，让他就把湖南士绅的民心全部就收服了，并且当顺治皇帝知道这件事情之后也表示洪尚书做得对。但是这是特殊情况他可以这么做，如果放在了平常你连问都不问就因为他们是士绅你就这般跪舔老百姓不造反才怪。他之前剿匪的时候就是这样不管是老百姓还是匪军是一律杀光。
这件事情之后好多湖南和周边的士绅就进到了长沙幕府为清廷效力，这就是高手在处理问题的方式，他不处理问题直接让问题消失了，你不是士绅都要造反都不听朝廷的吗，那好你来为我做事这些不就都解决了吗。洪承畴经略五省，让破败的五省又焕发了勃勃生机。
但是就是当时这么大的一个大官他的晚年可过得不是很好，首先是他的家里人老妈不认可他，他当了大官之后想接老妈来到京城享福，但是他妈来了就给他一巴掌说我都这么大了还要来当老妈子，因为当时的大清律是官员的母亲要去伺候太后的，他妈当然不愿意于是就回了福建老家了。并且跟他的弟弟住在了船上意思就是说我不踩你大清的天，不踏你大清的地。1661年就是顺治十八年，洪承畴以自己体弱多病为由请求退休，得到了批准。
虽然清廷也承认他的劳苦功高，是满清入关的引路人，但是这个时候的天下早已经太平，谁还会记得当年他身处怎么样的情况呢？只知道他是一个卖主求荣的小人，他也失去了作为一个汉奸的价值，最后只给了他一个三等轻车都尉的爵位，相比同时期的平西王吴三桂那真是差了不是一点半点。其实他曾经还是吴三桂的上司。
最后到乾隆帝的时候，为了给大臣树立良好的形象宣扬他忠君爱国的思想，于是又想起了他，把他列入了贰臣传，成为了反面教材的第一人。
可见没有气节的臣子，就是功劳再多再大，人们也是看不起他的。
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