而长门却走向了另一个极端，弥彦的“理想主义道路”已被残酷的现实否定，长门用轮回眼的力量把弥彦的尸体做成了佩恩（Pain），把晓变成了一个用暴力手段镇压战乱的组织，小南则对长门言听计从。许多观众觉得小南是个缺乏主见的人，弥彦在的时候听弥彦的，弥彦死后听长门的，但事实上，自来也曾评价她：“小南是个感情从不外露的女孩，不过她的气量相当之大。”长门的所作所为，无论是消灭半藏，为弥彦报仇，还是进攻木叶，捕捉九尾，以小南的立场来说，真的算“错误”吗？以战止战，虽战可也，当年各大忍村肆无忌惮的在雨隐村开战，让他们三人成为孤儿，现在只是让他们也感受一下战争的苦果。她不能确定长门的做法是否正确，但作为家人，小南信任他，至少，她看到雨隐村已经实现了安定与和平。
唯有一件事是小南不愿意做的，那就是多年之后，自来也潜入雨隐村时，长门让她杀掉自来也老师。
自来也潜入雨隐村时，发现这个村子早已不似当年的破败，虽然戒备森严，但产业繁荣，人们纷纷把“天使大人”的折纸挂在屋檐下，感恩她为村子带来了安定。“天使大人”自然就是小南，长门和佩恩的形象并不适合公开，因此小南成为了雨隐村的村长，如果小国也有影，那么小南应该算是“雨影”了。
雨隐村常年不断的雨是长门的感知忍术，他们很快发现了自来也，小南问长门怎么办，长门回答：“既然他不会成为我们的同伴，那就杀掉他。”长门知道，自来也的想法和弥彦是一致的，当他选择了与弥彦相反的道路时，他和自来也之间就只能是敌人。或许长门已经有意避开他，将木叶的九尾列为最后捕捉的目标，但现在自来也找上门来，他决定就此了断。
小南依靠式纸之舞的机动性先行找到了自来也，但与其说她是来杀他的，更像是给他的最后警告。自来也问她：“佩恩到底是谁？”小南回答：“跟老师没关系。”
初交手，自来也用火遁烧尽了小南的纸雨，并用蛤蟆油弹黏住了她，小南的纸沾上油后无法分散，被自来也的乱狮子发之术抓住。此时只要他点燃蛤蟆油炎弹，恐怕小南就再见了，但自来也不忍对这个曾经的徒弟下手。小南问他：“事到如今，你为什么要出现在我们面前？”自来也回答：“并没有什么打算，如果你们不是晓的话。毫无疑问你们是我的弟子，但晓的所作所为是错误的。”
长门：“那是我们通过自己得出的答案，自来也老师！”长门控制的佩恩赶到了。他让小南退下，他知道小南没有能力也没有意愿杀害老师，他不想强迫小南，弑师的罪孽就由他一人来承担吧。
之后佩恩和自来也的激战中，小南一直没有插手，这是长门与弥彦的道路最后的诀别，家人间的战斗，她选择两不相帮。当然了，小南本可以阻止他们，如果她有足够的力量，但与长门和自来也相比，她太弱小了，只能成为旁观者。
自来也与长门的战斗，双方都没有留情，在用幻术蛤蟆临唱控制了佩恩三道后，自来也毫不犹豫的干掉了他们，他以为长门就在其中；而佩恩六道偷袭得手，抓住机会后，也立刻杀死了自来也。这是两种意志的针锋相对，没有回旋的余地。
自来也死后，长门和小南对木叶村再无任何顾忌，正好此时鼬和带土的协议也终止，于是他们一鼓作气，直接进攻木叶，但他们不知道，九尾人柱力鸣人此时不在木叶村。这场战争中，小南一直在打探九尾的情报，但一无所获，鸣人此时正在妙木山修行仙术，这是最高机密。
后来油女志乃父子及其族人出现在小南面前，油女一族是木叶低调且强大的秘术家族，他们用查克拉饲养的寄坏虫可以啃食小南的式纸之舞，算是比较克制。但小南使出纸分身，并在其中夹杂了起爆符，瞬间消灭了大量虫子，油女一族的人如临大敌。
这时佩恩已经从纲手的助手静音身上获得了情报：“鸣人在妙木山”。于是小南撤退了，他们没有必要在这里浪费时间。但临走前，佩恩给木叶留下了一份“大礼”。
不知是长门心存对木叶忍者杀死他父母的仇恨，还是只是想让木叶感受一下雨隐村长期遭受的痛苦，他控制佩恩天道释放了一个超大型神罗天征。尽管这次小南试图阻止他，但长门却听不进去。神罗天征几乎将木叶夷为平地，只剩了一面火影岩。
这时鸣人学成仙术归来，与佩恩进行了激烈的战斗，最后他击败了佩恩天道，并通过长门用来控制佩恩的黑棒，逆向找出了他们的藏身之处。这是小南用神之纸者之术伪装的一棵大树，鸣人终于见到了长门，这个杀死自来也师傅、卡卡西老师，摧毁木叶村的罪魁祸首，同时也是自己的师兄。鸣人和长门进行了惊天动地嘴遁较量，鸣人第一次在嘴遁中落入下风，面对长门“怎样消除仇恨”的质问，他无从作答。曾经木叶入侵过雨隐，现在雨隐摧毁了木叶，鸣人无比想要杀掉长门，为自来也、为村子报仇，但这样一来自己就和对方一样，成为了仇恨的连锁，正如父亲水门说的那样：“如果不消除仇恨，即使消灭了佩恩，还会有新的‘佩恩’出现。”错的不是眼前的这个人，而是无序的忍者世界。
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