千手柱间的实力比波风水门强，但这不是主要原因。虽然前期的佐助是忍者学院的天才选手，但是成为下忍并进行中忍考试时，他已经感觉到有太多的比自己实力强的人了。凭当时佐助的力量打音忍那些马前卒都费劲，而且一直被他认为是吊车尾的鸣人也有赶超他的趋势，因此极度想追求力量的佐助很难抵制大蛇丸咒印的诱惑。
尽管卡卡西教会了佐助千鸟，但是佐助在面对鼬时依然被无情秒杀，之后佐助已经感觉到按照正常的修行无法迅速提升实力了，所以他还是没有禁住咒印的诱惑，最终选择叛离木叶投奔大蛇丸。一般来说，忍者不告而别离开忍者村是很容易被划为叛忍的，因为他身上有太多村子的信息和忍术了，而佐助作为宇智波一族的敏感角色去追随杀害三代火影的叛忍，更是容易遭到追杀。
加入晓组织
本来按照宇智波鼬的剧本，佐助干掉他不仅能够开启万花筒写轮眼，而且还能凭借杀死木叶S级叛忍的战绩重回木叶变为英雄，但是在宇智波带土说出了鼬的真相并扭曲木叶历史后，佐助决定让鹰小队与晓组织合作，并接受了捕捉八尾人柱力的任务。虽然表面上说是合作关系，但是穿着晓袍外出行动抓捕人柱力，任谁看都会以为他成为晓组织的一员了。尽管奇拉比并不是真的被抓了，但在当时所有人都不知情，因此云隐村对木叶的意见很大，并前往木叶商量追杀佐助。本来佐助只是对木叶曾经的同伴不客气，但是他加入晓组织危害其他忍村，已经成为板上钉钉的S级叛忍了，任谁都无法包庇。
大闹五影会谈
佐助在加入晓组织并对八尾人柱力奇拉比下手后，他已经成为国际通缉犯了，而鸣人也为了让雷影取消对佐助的追杀令而下跪求情，但不久佐助却再一次出动，直接在五影会谈期间捣乱，在被影们虐了一遍后被带土抬走，由此可见一条路走到黑的佐助，即便放眼五大国，也只有第七班容得下他了。之后佐助终于成功干掉了代理火影团藏，这也许是他为木叶做的唯一一件好事。
发动“革命”
本来佐助协助鸣人封印大筒木辉夜后，已经足够功过相抵了，但是关键时刻佐助中二病又犯了，他声称要发动“革命”，提出要处决各国影和尾兽并统治忍界，让世界所有仇恨集中于他一人，以此达到真正的和平，这看起来和鲁路修的“零之镇魂曲”简直如出一辙。尽管拥有轮回眼的佐助凭借地爆天星封印了八只半尾兽并吸取了它们的力量，但还是与吸收所有自然能量的六道仙人模式鸣人打得两败俱伤，最终佐助放下了执念并开始了自己的赎罪之旅。
佐助的罪责几乎超过了所有的叛忍，可能仅次于千
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