不过他之所以能放心卸任，是因为下一任火影的最佳人选已经出现——自来也的弟子，他的徒孙波风水门。而团藏提出的人选“大蛇丸”被他极力否决了，虽然大蛇丸是他最心爱的弟子，但他知道他对“火之意志”毫无兴趣，他举荐水门不为亲、只为贤。虽然现在的水门经验尚浅，但只要自己在身边辅佐一段时间，必将成为优秀的火影。也是因此，日斩退休后没有退居幕后，他和四代几乎形成了双影共治的局面。
不久后，水门的妻子漩涡玖辛奈怀孕。这本是一件喜事，但玖辛奈有一个特殊的身份——九尾人柱力，人柱力在分娩时极度虚弱，封印有被突破的可能。为了村子的安全，日斩让水门夫妇前往远离村子的密室生产，为了尽可能保密，他让自己的妻子去帮玖辛奈接生。
尽管做好了万全的准备，意外还是发生了，九尾不但突破封印，甚至直接出现在了村子里。面对这前所未有的灭村危机，日斩下令让年轻一代的忍者全部去避难，不许接近九尾。村子被毁可以重建，但村子的未来必须保存下来，他令警务部队宇智波一族在后方保护村民，自己率领暗部和其他上忍与九尾战斗。
日斩通灵出了猿猴王猿魔，虽然从体型上来看，猿魔远不如蛤蟆文太这些大型通灵兽，但它的特别之处在于可以变化成一件武器——如意金箍棒。金箍棒伸长，一万三千多斤的分量，直接把九尾顶出了村子。
但日斩毕竟是年纪大了，很快体力不支，这时九尾蓄力了一枚尾兽玉，瞄准了村子。危急关头，波风水门终于击退了带土，赶回木叶，用飞雷神将九尾转移到了远方。等日斩赶往支援时，水门夫妇已经张开结界，使用了漩涡一族的天之锁，和禁术尸鬼封尽。日斩想要上前，也许是想代替前途无量的水门和九尾同归于尽，但他无法穿过结界，最终九尾的灵魂被分成两半，封印在了水门和他的孩子体内，水门夫妇也因此牺牲。
弥留之际，玖辛奈将孩子托付给了日斩：“孩子的名字叫鸣人。这是水门和我，根据自来也老师的小说起的名字。”日斩郑重的说：“鸣人吗，我一定会照顾好他，我保证。”
灾难过后，除了重建村子，首要任务就是填补火影的空缺。此时自来也正云游四方，纲手也已离开村子、逢赌必输，卡卡西那一代又年纪太轻，木叶处在青黄不接的境地。会议上，团藏正想趁机登上火影之位，日斩抢先开口：“我愿担此重任！到下任火影成长起来为止，只当我是个过渡。”这下团藏又炸了，当年二代选择继承人时就被日斩抢先，好不容易熬到他退位了，现在竟又重新上任，团藏对他已经从意见相左转变为敌视，甚至策划了一次刺杀行动，想要除掉他。
最后行动败露，团藏面临着“刺杀火影未遂”的死罪，日斩却网开一面：“这件事不予追究，希望你今后能为木叶尽心尽力。”团藏冷笑道：“你还是这么优柔寡断，你的天真总有一天会毁了你。”日斩则回答：“有光的地方必有黑暗，无论缺了哪一方世界都无法正常运转。”
虽然他说的很有哲理，但团藏后来似乎并没有做什么好事。相反，他勾结日斩的徒弟大蛇丸，从事禁忌的人体研究。后来大蛇丸的实验室暴露，日斩亲自带队抓捕，但面对曾经的爱徒，他不忍出手，一念之差又将大蛇丸放跑，而团藏的那句警告，若干年后真的在他们师徒间应验了。
木叶村渐渐恢复了安定，但对于水门夫妇的孩子漩涡鸣人，日斩陷入了两难。作为拯救村子的英雄遗孤，鸣人本该在村里人的尊敬与关怀中成长，但他同时又是九尾人柱力，如果被敌人知道身份，将时刻处在危险中。因此对他最好的照顾，或许是隐瞒他的身份，让他像普通人家的孩子一样成长，暗中给予他帮助和保护。日斩似乎是想这么做，但结果却很糟糕，那就是全村的人不知道鸣人是四代火影之子，却都知道他是九尾人柱力。无须隐瞒的隐瞒了，该隐瞒的却暴露了，村里人对九尾的憎恨和怒火全都集中在了鸣人身上，敌人的目光也全都锁定了他，甚至宇智波在打算叛变时都已经做好了抓鸣人的计划。木叶村是五大国之中最强的忍者村，而木叶村的领导人也被称为是火影，在历代火影之中，几乎每一个人都是当代的最强者，而我们今天要说的，就是被称为忍术教授的第三代火影。
三代火影是所有火影迷们最早接触到的火影，最开始的时候一直以一个慈祥的老爷爷的面貌出现在我们的面前，直到中忍考试的阶段，三代火影和大蛇丸之间的战斗才让我们了解到，原来这个老爷爷那么强。
而在这个时候，三代火影的设定还是历代最强的火影，而且但从年迈的三代火影封印了初代火影还有二代火影两个人也能够看得出来，三代火影的实力的确是很强的，而在动漫的前期，三代火影的评价也是非常好的。
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