从英雄到叛徒再到英雄，一切看似矛盾，但事实上大蛇丸所做的一切都没有背离他的人格特点就是“理性”，大蛇丸之所以愿意帮助佐助，并不是因为他改邪归正而是在他看到自己的极限后，理性的选择一条能够走得更远的路。
大蛇丸自小父母双亡，而且父母的死与木叶脱不了干系，自来也曾说，大蛇丸在双亲被害后开始变奇怪。执迷于禁术是想再见双亲一面吗？在父母的墓碑前他捡到一条白色的蛇皮，而他的师傅猿飞日斩告诉他，白蛇的蛇皮象征着幸运与再生，也许你的父母早已经在哪个地方转生了。这也引发了大蛇丸的思考，既然蛇能蜕皮，人能否再生呢？大概从这时起大蛇丸开始了对生命的探索。
大蛇丸并没有继承任何的血继界限，他所能依靠的只有科学。小时候的大蛇丸是个天赋出众的孩子，当自来也还是吊车尾的时候，他已经学会三代发明的A级忍术，手里剑影分身之术。少年时期的他并不会任何蛇属性的忍术，可以判定大蛇丸并非天生蛇属性，而是和龙地洞签约得到的。
第二次忍界大战时，大蛇丸已经可以使用潜影蛇手和自来也纲手一起对付山椒鱼半藏，被对方封为木叶三忍。第三次忍界大战已经能通灵出万蛇，在战场上让木叶三忍的名号成为了传说。战争期间大蛇丸目睹了太多同伴死去，他并没有释放自己悲伤的情绪，而是将这些归于生命的脆弱，人真的是太脆弱了，有没有办法让生命更加顽强甚至达到永恒。抱着这样的想法，大蛇丸终于开始涉足科学。
大蛇丸进行的是人体实验，过程一定是惨无人道的，一开始木叶还是支持的用志愿者的身体移植柱间细胞，可全部失败，造成大量死亡，三代下令废止了这一实验。可是大蛇丸和团藏不死心，开始暗地收集婴儿做实验，最后一个实验体竟然成功了，只是团藏没有告诉大蛇丸，正是后来的木遁忍者大和。
之后大蛇丸的实验有了两项新的进展，一个是咒印一个是秽土转生，咒印可以让细胞活性化虽然不能让生命永恒，但可以不再让生命那么脆弱。而秽土转生是在木叶的藏书室发现的，这一禁术撑起了火影后期的剧情。同时，大蛇丸也加快了对永生的探索，虽然暗中有团藏的支持，可还是败露了，被三代火影亲自带队突袭了实验室，但因不忍还是放走了大蛇丸。
大蛇丸一个人能力有限，找到一个帮手药师兜，并给与他最大的信任。此时大蛇丸听闻一个晓的组织，大蛇丸贪图轮回眼，但发现实力差距太大，就顺势加入了晓，代号“空”。不知是晓组织的资源还是兜的助力，这段时间大蛇丸的科研取得了重大成果，不仅秽土转生即将完成，还开发了夺取别人身体的“不尸转生“，虽然这个术CD长达几年，但依然是实现了永生。只要大蛇丸不作死，就可以用永恒的生命探索真理，可惜大蛇丸偏偏看中了鼬的写轮眼，反被秒杀，叛逃出晓。
经历了数年的积累，大蛇丸建立了音忍村培养了一批忍者让自己的势力达到了巅峰，联合沙忍进攻木叶害死了三代目，并向众人展现了科研成果，秽土转生之躯的柱间扉间。可在这一战中大蛇丸也失去了双手，只能等待转生仪式，换一个身体，于是便抓住了佐助，可是时间来不及，只能临时转生到一个路人身上，转生之术再次进入三年的CD，这三年大蛇丸把佐助当成下一个自己，悉心培养。而当他要夺取佐助身体时，此时的佐助不愿献出身体，大蛇丸转生失败，并被佐助反杀。
大蛇丸的第一次复活是在佐助与鼬的战斗中，可是没能坚持半集，又被鼬给杀死。第二次复活是在鼬击败兜之后，佐助利用寄宿在红豆体内的大蛇丸灵魂复活了他，此次复活的大蛇丸找到了死神面具，复活了四位火影和自己的双手，也许他也在寻找复活自来也的方法。
由于大蛇丸在大战的杰出表现，功过相抵，木叶对他既往不咎，并对他的科学资源保护（软禁）了起来，在村子的监视下继续他的研究。
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