佩恩六道被漩涡鸣人逐个击败后，鸣人在小南用纸制作的一棵大树里找到了佩恩的本体——长门，两位预言之子终于相遇。[22]鸣人想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案。[23]长门将父母之死及挚友弥彦之死一生两大痛楚向鸣人讲述后[23][7][24][25]，鸣人拿出了自来也写的第一本书《毅力忍传》。[25]《毅力忍传》的写作灵感来源于自来也的一个弟子，这个弟子正是长门。[9]经过一番谈话后，长门被鸣人所感化，重拾少年时期的梦想[9]，放弃和宇智波带土的原定计划，用外道·轮回天生之术复活了在佩恩一战所死之人，将自己的意志托付给了鸣人后力竭而亡。
忍界大战
第四次忍界大战时期，长门被药师兜用秽土转生复活，并与宇智波鼬一起行动。后被兜控制与鸣人和奇拉比战斗。失去意识的长门，缺乏自主机动性。在吸收奇拉比的八尾查克拉后身体恢复了原来年轻的状态，但由于腿上的伤，依然无法自如行动，兜便以通灵兽的轮回共享视野弥补这一缺点，相继捕获鸣人与奇拉比，两人危在旦夕。但最终却因中了别天神而脱离兜控制、隐蔽起来的宇智波鼬从死角射出苦无破坏共享视觉共享而失手。之后长门使出地爆天星，鼬分析出地爆天星的特征以及弱点并引导鸣人与奇拉比一起合力使用最强远程攻击忍术破解了地爆天星，随即长门被宇智波鼬的十拳剑所封印。
秽土转生
在临死之际，长门恢复了意识，对自己的一生做了评价，充分认同师父自来也的第一部作品，给予了堪称完美的评价；对自己的第二部作品给予了一般评价；并把希望寄托于鸣人，希望鸣人的第三部——完结篇，能够完美落幕，抹掉自己的第二部的缺憾。
最后，长门带着希望，含笑而逝。首先，长门的目的是剥离鸣人体内的九尾，只要自来也还存在，那么就会让佩恩的失败几率增加。大家不要忘了，自来也一个人就干掉了两个佩恩，要是他知道佩恩的情报，没有被偷袭的话，他或许真的会逆袭。长门不希望自己的计划出现任何的变数。
其次，他是为了防止情报泄露。如果长门单纯只是不让自来也帮助木叶的话，他完全可以选择把自来也囚禁。可是他并没有这么做，就是因为他害怕有关自己的资料会流传出去。自来也作为三忍，肯定有很多稀奇古怪的忍术。哪怕是把他绑起来，自来也或许都有办法逃脱。所以，长门干脆选择快刀斩乱麻，直接杀死自来也以此来做到永绝后患。而且自来也其实也是比较决绝的，他有机会逃走，但是他为了获取更多的情报所以才会选择和佩恩死战。只可惜他的这些情报并没有为木叶提供多少帮助。
还有，长门并没有大家想象的那么善良。原来的那个长门的确是一个小天使，但是自从弥彦死去之后，原来的那个长门也死去了，现在活下来的不过是一个恶魔。当一个人真的举起屠刀之后，他就很难再放下去了。自来也是长门和这世界之后的羁绊，当他杀死这个世界之后，他对这个世界就再约没有怀念，而是可以安心继续自己的复仇大计了。所以很多人说，长门是可恨的，同时又是可怜的。或许正是因为长门是那种纯粹的人，所以他在正义阵营的时候才会非常的善良，而在化身为魔之后变得异常邪恶。
还有，就是剧情杀的因素了。其实从剧情上来说，自来也是完全可以不死的。但是为了营造那种悲凉的气氛，为了促进主角鸣人的成长，所以自来也是必死的。他不是死在了佩恩的手中，而是死在了岸本的笔下。虽然很多人都希望自来也能够活下来，看到鸣人成为忍界英雄。但是大家不得不承认，自来也在对战佩恩的时候死去是最完美的。
为何长门在杀害自来也杀伐果断，却对雏田手下留情？难道插歪了？
相信大家都能领略到佩恩六道的杀伐果断，这都是因为那些难以忘怀的经历使他们成长，众所周知自来也是佩恩六道的师傅，准确的来讲是佩恩六道操控者长门的师傅，但是自来也的嘴遁不够强，没能引长门几人走上正途，他们也是经历了好几个刺激，先前他们亲眼目睹自己的母亲被木叶忍者杀害，之后又看到自己的挚友弥彦倒在自己的怀里，这致使他的内心想法也走上了扭曲。
因此他造出了佩恩六道，在晓组织一直贯彻的理念就是以战止战，佩恩这个名字就是意味着痛苦惩罚之意，而佩恩六道存在的意义就是为了让痛苦的轮回中孕育出长久的和平，让世界感受痛楚，因此晓组织一直到现在，也都残杀了很多忍者，他这是在用血肉铸造和平，不过在佩恩杀害的的人民单上，却对雏田手下留情，这又是为什么呢？
在佩恩六道入侵木叶村的时候，木叶村的忍者尽数被佩恩六道残杀，不过最终还是等到了鸣人出场，几番战斗之后，佩恩六道只剩下天道一人，而鸣人则倒在地上，身上各处都插着黑棒，不过却很巧妙的避开了要害，这也是为了抑制鸣人的行动，真正的目的是获取九尾尾兽。
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