小智从君沙小姐口中得知了这附近有伙盗猎团，这些盗猎团无恶不作，手段卑鄙。小智三人听到君莎小姐的话后，十分生气。
“这些人实在是不可原谅，必须让他们收到惩罚！”小智要为乘龙出气。
另一边的乘龙群的那只雌性乘龙想要来到小智登陆的那个小岛上，却被乘龙群的首领给阻止了，思之心切的它没有办法，只能选择服从！
为了解决这些可恶的盗猎团，小智三人骑乘在乘龙身上，准备找麻烦
当小智他们感赶到时，那些盗猎团正开着海盗船围追着乘龙群们，他们释放着炮弹攻击这些乘龙，同时派出一大群的毒刺水母将乘龙群给包围，让它们无路可逃
小智听到炮弹声，看到是那些乘龙遇到了麻烦！赶紧招呼乘龙快去支援，小乘龙看到是自己的亲友们遭遇到危险，发狂般冲过去。
小智他们赶到后和盗猎团在水上展开了激烈的战斗，小智他们派出了一众的水系宝可梦攻击盗猎团的船，成功将它们击败。
然后小智和乘龙将这些毒刺水母给引开，被围困的乘龙群们因此得救。小智和乘龙将毒刺水母引开后，自己却遇到了危机，它们被毒刺水母包围，承受着怒火！
在危机时刻，乘龙群赶到帮助，使用急冻光线将这些毒刺水母给击败。小智的善心赢得了这些乘龙的尊重，所有的乘龙围在了小乘龙周围。
小乘龙和那只浅色的母乘龙相认，那是它的妈妈！它们相互磨蹭着脑袋，尽显亲昵！小乘龙十分开心，找到家人了！
最后小智和乘龙挥手告别，小乘龙表示终有一天会回到找小智的！
就这样，小智忍受着悲痛和乘龙告别。三人骑乘在水箭龟的背上继续出发！
“再见了，乘龙！一路保重”小智望着远去天边的乘龙群，久久不能回神！
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