小智三人漫无目的地在海上旅行，长时间的旅行已经让他们肚子感到饥饿，这么下去不是办法，小智好像能够能够到达附近的岛上吃顿饱饭，小健通过望远镜观察发现不远处有一座岛屿，那是金柑岛
小智听到终于可以登岛了，立马精神起来，小智看金柑岛并不像海岛而更多像商业大楼，不过他也不想管这么多，能够吃上饭才是最重要的。
小智让乘龙加速前进，在他们赶到金柑岛，虽不知他们已经被一些坏人给盯上了，他们来到金柑岛的码头，小智收回了乘龙。
他们站在码头上，突然听到几道声音
“住手啊，小磁怪、雷电球”他们顺着声音源，只见对面的道路旁，雷电球、小磁怪、臭臭泥正在攻击着它们的训练家们，这个情况非常邪门。
小智知道这些宝可梦都被控制了，赶紧提醒自己的皮卡丘和波克比，为了以防万一，他将波克比收回到了精灵球中，将它交给了小霞。而皮卡丘也被它强制收回了精灵球中，皮卡丘看小智一反常态，并没有多想，配合的进入到它讨厌的精灵球中
“皮卡丘，委屈你待在精灵球中一会儿”他对着球内的皮卡丘说着
“小霞，你先将波克比的精灵球保管好，别把它放出来，这个地方有点古怪”小霞很迷惑，但是小智的话她还是信任的，小智这么做肯定有他的道理，她接过精灵球放进腰带中
当小智要赶去帮助那几位训练家时，雷电球发生了大爆炸，大爆炸造成了很大的烟雾，就是趁着这个时间雷电球它们全部消失不见，烟幕散去只剩下空空如也的几人
好在大爆炸并没有炸伤这些训练家们，但是这些训练家的宝可梦都不见了，先前攻击他们又后面消失不见，让他们根本反应不过来了，他们嚷嚷着该怎么办
骑着摩托的君莎小姐赶来了，可惜还是来迟了。君莎小姐告诉小智众人最近不知道为什么常常发生宝可梦攻击人类的情况，或者常常丢失的情况
这里的君莎小姐的宝可梦是只鬼斯，它并不会被影响，小智怀疑这可能是超能力系的宝可梦干的好事，小智乐于助人，有困难他是真上。
为了解决这个金柑岛的诡异问题，小智三人和君莎小姐一样破解这难题，小智知道这一切的谜题，他引导带着君莎小姐来到废弃电视塔这边，一切都是火箭队的雅玛多和小三郎搞得鬼。
他们控制了一只素利普，通过催眠的方式控制着这些宝可梦们。素利普通过电视塔将它的催眠电波传送到岛上的所有宝可梦身上，被催眠的宝可梦便开始攻击自己的主人，然后跑到了雅玛多和小三郎这边。
小智他们来到了雅玛多和小三郎躲藏的地方，这里所有的宝可梦都变成了雅玛多和小三郎的手下，好在这次多亏了君莎小姐的鬼斯
鬼斯使用了幻想波和神秘守护挡住了所有的攻击，知道这次只靠鬼斯大爷了，小智让鬼斯大爷帮忙，鬼斯大爷成功击破了素利普待着的增强装置，看到一切都已经结束了
被控制的宝可梦全部恢复了正常，小智让这些宝可梦全部逃走，然后君莎小姐与小智和雅玛多他们展开了对决，雅玛多的素利普的实力非常强大，它挥舞着手指使用超能力和小智他们展开了激战，被小霞抱着的波克比看素利普挥舞着手指非常好玩
它也挥舞手指，通过挥舞手指直接学会了挥指功技能，神兽就是不一样，一招挥指功就让全场发生了大爆炸，好在这个世界的人身体素质十分强大，任何伤害都不会让他们致命，小智他们只是弄得十分狼狈，并没有太大的事，而素利普和雅玛多他们都被击败了，躺在地上。
事情告一段落，雅玛多、小三郎被君莎小姐抓到警局再次关起来了，君莎小姐给小智三人颁发奖状，感谢他们的帮助，然后小智他们骑着乘龙离开了金柑岛！
再次在海中长途跋涉，他们在海上发现了一个瓶子，瓶子里写着一封信，信里的内容写的是“如果有谁知道水晶大岩蛇的下落，请一定要告诉我，正美奉上”
看到这个信息，小智想到了橘子群岛的水晶大岩蛇，这么稀有的宝可梦他可不能就这样错过，他知道这只大岩蛇可能就是那座岛上，让乘龙加快速度赶到澎柑岛
他们来到澎柑岛，这里的集市非常热闹，有许多的工艺师傅正在制作玻璃制品，澎柑岛专门以制作玻璃艺术品出名，这也导致了观光的游客特别的多。
他们听到了一个摊主在欺负一个小女孩，看到这个小女孩快要哭了，小智上前帮忙。知道这就是小正美了，他们让摊主灰溜溜的离开了，小智他们和正美交谈
从正美口中得知她哥哥阿功正困于烦恼中，他制作的作品都缺少灵魂，导致他们爷爷去世后店铺的生意一直不好，正美带着小智三人回到了他们家，他们见到了阿功
阿功告诉了小智三人事情的经过，他爷爷曾经见到过水晶大岩蛇，从此之后爷爷便雕刻出一只只活生生的玻璃制品，阿功也想向他爷爷那样，这就是正美想要求助众人寻找水晶大岩蛇的原因。
小智他们便帮助阿功去找寻这只水晶大岩蛇，小健派出了毛球和玛丽露用听声辨位的方式发现了水晶大岩蛇的踪迹，玛丽露带着小智他们来到岸边，岸边有座小岛，水晶大岩蛇便在那座小岛上。
他们要通过面前的湖泊才能到达那座小岛，正当他们想办法通过这片湖泊时，海面突然散开，从水中散开一条道路，那就是水晶大岩蛇的住所。
玛丽露带着小智他们来到了水晶大岩蛇的住所，那是它藏身的山洞。小智他们走进山洞中，在山洞的湖泊中发现了这只水晶大岩蛇，它躲在水中，然后露出了身躯。正如它的名字一样，它的身体全部犹如水晶那样。
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